Las auroras se originan en las partículas cargadas de energía que desprende el Sol y que viajan por el espacio a gran velocidad (300 a 1000 km/s) formando lo que se conoce como viento solar. Al llegar a la Tierra, estas partículas interactuan con los bordes del campo magnético y chocan con los gases de la ionosfera. Estos impactos excitan a los átomos a niveles de energía tales que cuando se desexcitan devuelven esa energía en forma de luz visible.
En esta foto se ve bastante bien en que zona de la atmósfera se produce.
Esta luz puede adoptar diferentes tonalidades dependiendo del átomo con el que se produzca la colisión. Las auroras boreales más comunes son las de átomos de oxígeno, las cuales desprenden un color verde y en ocasiones amarillo. En cambio, el colo azulado se lo dan los iones de moléculas de hidrógeno y las tonalidades rojas se la da las moléculas de nitrógeno.
Creo que un video puede describir mejor que nada lo que puede suceder a lo largo de una noche: